反滲透膜在應用中，一段時間后會出現，產水量和水質均不同程度的下降。

反滲透膜的性能下降主要原因是由于膜表面受到了污染，如表面結垢，膜面堵塞；或是膜本身的物理化學變化而引起的。物理變化主要是由于壓實效應引起膜的透水率下降；化學變化主要是由于PH值的波動而引起的，如使醋酸纖維素膜水解；游離氯也會使芳香聚酰胺膜性能惡化。反滲透膜污染堵塞的主要原因是由于膜面沉積和微生物的滋長而引起的。其中微生物不僅堵塞膜，并對醋酸纖維素有侵蝕損害作用。因此，在膜內必須保持一定的余氯量，但是余氯太高，又會引起膜性能下降，故在醋酸纖素膜前保持余氯0.1-0.5mg/L，而在芳香聚酰胺膜前余氯要小于0.1mg/L。

反滲透膜的清洗處理是一個細致而又煩雜的工作，且多次清洗膜易損壞。為了減輕清洗工作，必須要搞好前處理，嚴格把好水質關。

清洗處理方法是：定期用0.1%甲醛溶液，或100mg/L質量濃度的新潔爾滅循環清洗處理至少1h。已經污染的膜要用2%檸檬酸銨溶液（PH=4-8）進行清洗，或用亞硫酸氫鈉、六偏磷酸鈉、稀鹽酸等來防止錳、鐵及碳酸鹽的結垢。有時也用酶洗滌劑對有機物進行清洗。清洗壓力控制在0.34-0.98Mpa（3.5-10kgf/cm2），清洗流速為原來水處理流速的2-3倍。